区画整理の清算金にかかる所得税について教えてください。

清算金の内容が不明ですので適切な回答は不能ですが、
受取清算金と支払清算金があるということは、２種類以上の物件があるということだと想定されます。
受取清算金60万円については、「収用等5,000万円特別控除」の適用ができる可能性はあります。
市からの補助金90万円については、「収用等5,000万円特別控除」ではなく「国庫補助金等総収入金額不算入」の対象ではないかと思われます。
いずれも詳細が不明ですので、かつ、判断が難しいところがありえますので、証明書等など説明会での具体的な資料を持って、税務署か税理士会の無料相談で確認されたほうがいいかと思われます。

受取清算金60万円と、市の補助金90万円は同じ性質とは限らないため、分けて検討します。交付清算金には5000万円特別控除等の対象となる場合があり、補助金は交付目的・充当先により国庫補助金等の総収入金額不算入を検討できる可能性があります。支払180万円と単純相殺するだけでは判断できません。4年前の控除の種類や同一事業との関係も確認が必要です。各筆別清算金明細、補助金交付要綱・決定通知、施行者の証明書、前回申告書を税務署や税理士へ示しご確認ください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

結論から申し上げると、4年前の補償金を収用等による譲渡として申告していた場合（5,000万円控除でも代替資産の特例でも同様です）、今回の清算金には5,000万円控除は使えない可能性が高いです。4年前の申告内容で結論が変わりますので、前回の確定申告書の控えをご確認ください。

【1】受取清算金60万円は特例の対象になり得ます 土地区画整理事業の換地処分により土地区画整理法94条の清算金を受け取る場合は、租税特別措置法33条1項3号の「収用等」に当たり、5,000万円特別控除（措法33条の4）の対象になり得ます（換地を定められなかったことにより支払われる清算金などは除かれます）。

【2】同じ事業で年をまたぐと、控除は「最初の年」だけです 措法33条の4第3項2号は、一の収用交換等に係る事業について譲渡が2以上の年にわたって行われたときは、最初に譲渡があった年以外の年に譲渡した資産には5,000万円控除を適用しない、と定めています。

①4年前、建物の補償金を対価補償金等として収用等による譲渡で申告していた場合（5,000万円控除・代替資産の特例のどちらでも） 今回の清算金は同じ事業の2年目以降の譲渡となり、5,000万円控除は使えないと考えられます。ただし、工区や期ごとに区分して施行されている場合などは別個の事業として扱われることがあります（措置法通達33の4-4）。 ②4年前は「移転補償金」として、移転・取壊しの費用に充てた分を収入に算入しない扱い（所得税法44条）だった場合 4年前は収用等による譲渡に当たらないと整理される余地があり、その場合は今回の清算金が最初の譲渡として5,000万円控除の対象になる可能性があります。

なお、5,000万円控除を受けるには、施行者が発行する証明書などを確定申告書に添付する必要があります（措法33条の4第4項）。

【3】税額は「所得」で考えます 5,000万円控除が使えれば、60万円の清算金に係る譲渡所得は控除の範囲内に収まり、課税されません。使えない場合も、課税されるのは60万円そのものではなく、その部分に対応する取得費と費用を差し引いた譲渡所得です。取得費が分からない場合は収入の5%を概算取得費とすることができます（措法31条の4、措置法通達31の4-1）。所有期間5年超・譲渡費用なし・取得費不明で概算取得費を使う場合、(60万円－3万円)×20.315%で約11.6万円が目安です（復興特別所得税・住民税込み）。代替資産の特例（措法33条）もありますが、清算金で代わりの資産を取得することが条件です。

【4】支払清算金と市の補助90万円 市の補助90万円は土地の譲渡対価ではなく、支払清算金の負担軽減と考えられるため、5,000万円控除の対象外と考えられます。課税関係は交付要綱・目的によりますので、交付決定通知をご確認ください（市から施行者へ直接支払われる場合は、ご本人の収入とならない余地もあります）。 また、換地の価額が従前地の価額を超え、その差額を清算金として支出した場合、その支出額は将来換地を売却するときの取得費に加算されます（措法33条の6第1項3号）。加算額は補助を除いた自己負担分で考えるのが自然です。

前回の申告書の控えと今回の清算金の明細を持参して、お近くの税理士や税務署にご確認いただくと確実です。