確定申告の医療費控除

お母様が亡くなった時点でご質問者様と「生計を一にしていた」のであれば、ご質問者様の医療費控除に含めることができます。
ただし、「誰が、いつ支払ったか」によって以下のように扱いが異なります。

●ご質問者様が支払った医療費（生前・死後問わず）
お母様の生前、または亡くなった後にあなたが支払った医療費は、あなたの医療費控除の対象に含めて問題ありません。

●お母様ご自身の財産から生前に支払った医療費
あなたの医療費控除には含められず、お母様自身の控除対象となります。
お母様は確定申告をしていないとのことですが、本人が生前に支払った分は、死亡後4か月以内に行う「準確定申告」をすることで、年金から天引きされていた所得税が還付される可能性があります。

回答は以上となります。
参考になりましたら幸いです。