株の売却益がある場合、医療費控除をすると、株の売買が会社にばれますか？

特定口座（源泉徴収あり）で取引をしているのであれば、確定申告書に株取引を記載せず、医療費控除のみ記載すれば会社には株取引のことはバレません。

過去に株式譲渡の損失があり、その損失と今回の売却益を相殺したい場合には、確定申告に株取引の記載をする必要があります。
その際は、確定申告の住民税に関する事項の欄にある「自分で納付」にチェックを入れておけば、原則バレないでしょう。
ただし、ふるさと納税など住民税減額がある場合に、普通徴収分の住民税から控除しきれない場合に、バレるかもしれません。

福岡様
わかりやすいご回答ありがとうございます。
あと1点だけご教授頂ければ助かりますが、ふるさと納税の気を付けるべきことをご教授
頂いていますが、「普通徴収分の住民税から控除しきれない場合」といのは、
ふるさと納税サイトなどで計算してくれる、「寄付額の上限（目安）」などを超えた場合に
発生すると思ってよいでしょうか？

普通徴収分の住民税から控除しきれない場合は、
「寄付額の上限（目安）」を超えた場合に発生するわけではございません。

まず、上場株の譲渡益の５％が株式譲渡に対する住民税となります。
例えば
　・100万円の株式譲渡益に係る住民税5万円。（普通徴収5万円　既に源泉徴収済み）
　・給与所得に係る住民税が30万円。（特別徴収住民税）
ふるさと納税による住民税減額が普通徴収からされたときは、その減額される額が5万円を超えると特別徴収分から残額が控除されます。
この5万円を超えるかどうかの判定と、「寄付額の上限」は別物です。

また、上記ではふるさと納税による住民税額の減額は普通徴収されると記載していますが、
ふるさと納税による住民税の控除は特別徴収からされるのが一般的であるため、
そのような特別徴収から控除される市区町村ででは株式譲渡所得は会社に届く住民税通知書には記載されないかと存じます。


ただし、取り扱いは市区町村により異なることもありますので、お住まいの市区町村に電話をして、下記のように問い合わせると良いでしょう。

「現在、給与所得と特定口座での株式譲渡所得があります。
　確定申告をする予定だが、、住民税『自分で納付』にチェックを入れ、
　医療費控除とふるさと納税の適用を受けた場合に、会社に届く住民税額の通知書には株式の譲渡所得に関する
　事項が記載されることはありますか？」