不動産売却時、土地の購入額を示せる書類

土地については、先祖代々の土地とのことですので、譲渡価格の５％が有利と思われます。権利書に書かれている金額は、相続取得した当時の固定資産税評価額ですので、実際の取得費ではありません。全部事項証明書に書かれている金額は、乙区でしたら抵当の債権額と思われますので、やはり実際の取得費ではありません。
なお、建物については工事請負契約書をもとに減価償却相当額を引いて取得費とします。

大変参考になりました。乙区の抵当債権額でも取得費にはならないのですね。と言うことは権利書も土地の全部事項証明書に書かれてる金額では実際の取得費になり得ないのですね。

補足します。
乙区の抵当額が、購入時の借入にかかかるものであって、かつ当該借入金が土地の取得にすべて当てられているものであれば、取得費として良いと考えます（頭金が不明であればその分少なくなりますが）。
購入後の借入（事業の借入など）にかかるのもであれば、実際の取得費とは当然異なりますので、取得費にはなりません。

お忙しい中、ありがとうございます。