非居住者の株式売却益に対する確定申告について

非居住者による株式売却益に対する確定申告についての「特定ケース」とは、日本国内に株式が存在するため「国内源泉所得」に該当するとされる場合のみです。
したがって、一般的には、非居住者の株式売却益は日本では課税されません。

なお、証券会社口座の取り扱いに誤りがあると思われます。
「特定口座」を開設できるのは、「居住者（又は、日本国内に恒久的施設を有する非居住者）」に限られていますので、「非居住者」になる時点で、特定口座は廃止され、一般口座へ振替えられます。ただし、多くの証券会社が開設している一般口座は、「居住者」を対象にしている口座が多く、「居住者」から「非居住者」への変更があった場合の解約を求められているケースがあります（解約されないまでも口座は凍結されます）。

このため、特定口座で株式を売却すること自体ができないはずです。「特定口座」を持てているということは、非居住者になったことを証券会社に届けていないと思われますので、速やかに証券会社に連絡する必要があります。
今後どのように処理するかは証券会社によって異なりますので、証券会社の対応に任せるしかありません。

ご返信ありがとうございます。
大変参考になりました。
示せていなかった情報として以下があります。
「居住中に株式を売却し、同年、非居住者となっている（以降、現在に至り非居住者）」
頂いた内容と、上記の情報から推測しますと、「居住者による株式売却」に当たり課税対象になるのではと考えられますので、この後は証券会社に確認をしてみたいと思います。
ありがとうございました。

「居住中に株式を売却した」のであれば、出国までにそれまでの給料と合わせて確定申告する必要がありました。
非居住者となってから確定申告するのであれば、「納税管理人」を届け出て代わりに申告してもらう必要があります。

「本来すべきだったこと」、「これからすべきこと」まで示して頂き恐れ入ります。
納税管理人は届けているため、対応を行いたいと思います。
大変勉強になりました。ありがとうございます。