e-tax確定申告の医療費控除がシュミレーション計算と合わない

おそらくご自身の所得税率が20％であると思われて241554円×20％とされたと思いますが
仮に20%の税率の人は一律20%ではなく課税所得金額に応じて
1,000円～1,949,000円の部分・・・5％
1,950,000円～3,299,000円の部分・・・10%
3,300,000円～6,949,000円の部分・・・20%
という税率になっています。
ですから差額を検算する場合には、上記の区分に応じて計算する必要があります。
※計算後、復興特別所得税も加算する必要があります。

丁寧なお返事ありがとうございます。
1,000円～1,949,000円の部分・・・5％
1,950,000円～3,299,000円の部分・・・10%
3,300,000円～6,949,000円の部分・・・20%
ということは、上記の割合に応じて医療費控除も三分割され、それに割合を掛けて計算するということでしょうか？

今回確定申告をするにあたり、間違っている項目が何かあるのかと思い質問いたしましたが、妥当であればこのまま申請したいと思います。

税額の差額を求める場合は、課税所得金額がいくらからいくらになったかです。
仮に3,600,000円→3,100,000円（△500,000円）の場合、
3,100,000円～3,300,000円の部分…200,000円×10％=20,000円
3,300,000円～3,600,000円の部分…300,000円×20%=60,000円
合計80,000円が所得税の還付金額となります。