株式譲渡益の確定申告

特定口座制度を利用している場合は、原則確定申告不要となります。
損益通算等も考えていないようですので、確定申告に含める必要はないと考えます。

規約型企業年金の還付を目的とした確定申告を行う場合でも、特定口座（源泉徴収あり）の株式譲渡益は申告不要です。株式の譲渡益は、あくまで「申告不要制度」を選択している前提であれば、確定申告に含めずに済みます。ただし、損益通算や譲渡損の繰越控除を行いたい場合は申告が必要となります。今回のように、年金の還付だけが目的であり、株式関連の調整をしない場合には、特定口座の譲渡益は無視して差し支えありません。選択は納税者側に委ねられています。

早速の回答ありがとうございました！
確定申告する場合でも株式譲渡益については記載不要（選択出来る）と言う事で安心しました。