ふるさと納税の確定申告での還付金

貴殿のお考えでは、１０００００－２０００＝９８０００円の控除がある、だと思います。
確定申告で、税額で言うと、９８０００円－７７９００＝２０１００円相当分の寄付金控除を受けていると思います（若干の端数差異は生じます）。
お手持ちの確定申告があれば、寄付金控除を除いて再計算してみると、およそでその差額になると思います。試してみると良いでしょう。

不備ではないかと存じます。
確定申告の際に寄付金控除を98,000円（10万－2千）受けていると存じます。
ふるさと納税の効果は還付額でなく、控除額で測ります。
10万円のふるさと納税により、98,000円分の税金の控除を受け、実質2,000円負担という仕組みです。
端数処理の関係で誤差はあるものの、所得税・住民税で合計約98,000円の控除になっているかと存じます。

相談者様の所得税率が20%だとすると、
所得税：98,000×20%＝19,600円
復興税：19,600×2.1%＝411円
で、計20,011円の控除となります。
住民税は
基本控除額：98,000×10%＝9,800円
特例控除額：98,000×69.58%（100%-10%-20.42%）＝68,188円
で計77,988円の控除となります。

よって、所得税・住民税の控除額の合計が、
20,011＋77,988＝97,999円≒98,000円
となります。

ふるさと納税は原則として所得税の還付と住民税の控除に分かれて反映されます。10万円の寄附の場合、2,000円の自己負担を除き、残りは所得税と翌年度の住民税から控除される仕組みです。ご提示の住民税決定通知書で77,900円控除が反映されているなら、差額分が所得税の還付対象となります。ただし、控除可能額に所得税額の上限があるため、還付が少額にとどまることは珍しくありません。大きな誤りとは言えず、念のため申告書控えで控除額を再確認されることをお勧めいたします。

ご回答ありがとうございます。確認したところ寄附金控除として98,000円の記載はありました。
所得控除はされているが、年末調整で還付金も発生。住宅借入特別控除もで実施済みであり、源泉徴収税額が500円のため還付金は500円のみになった。実質的に寄付額上限を超えてしまったという認識であってるでしょうか？
今年度は収入が変わらないと仮定し、100,000円の寄付ををワンストップ申請で行えば住民税からの減税のみになり98,000円ほどの減税になるということでお間違い無いでしょうか？
ご確認よろしくお願いします。

寄付金控除は総所得金額✕40%という限度額があり、寄付金控除98,000円と言うことは満額控除されていると思います。
また、住民税で77900円とのことなので、上記回答の通り、相談者様の所得税率が20%であれば、約20,000円の減税となりますので、所得税・住民税合わせて98,000円の減税になっています。
還付500円ということは、住宅借入金等特別控除が所得税で控除しきれていない状態ですが、控除しきれていない分は住民税で控除されています。

来年度のワンストップ特例を使用する場合の限度額は、実際に収入、所得控除額、住宅借入金等控除額をお聞きしないとはっきりと申し上げられませんが、同じ状況であれば、ワンストップ特例でも限度額−2,000円の減税になるかと思います。
一度ふるさと納税のサイトでシミュレーションをしてみてください。
住宅借入金等特別控除が入力できるタイプが良いです。

丸尾様
寄附金控除以外にも住民税に減税がかかっていることですね。
とても助かりました。ありがとうございます。