確定申告

あくまで、e-Taxでの提出と会場での提出は、確定申告書の「提出方法」が異なるだけです。
そのため、どちらか一方の方法で、年金収入（雑所得）および不動産所得の確定申告を行う必要があります。

申告方法を分けることはできません。
確定申告は「その年の全所得を一つの申告書にまとめて提出する」ことが原則です。したがって、年金収入分をe-Taxで先に申告し、その後に不動産所得分を別途会場で申告する形は認められません。後から提出した方が「訂正申告」や「更正の請求」の扱いとなり、手続きが煩雑になります。

最も確実なのは、両方の所得を合算した申告書を一度で提出する方法です。
e-Taxに慣れている場合は自宅でまとめて電子申告が可能ですし、不慣れであれば確定申告会場で職員のサポートを受けながら、一括して提出するのが望ましいでしょう。

よくわかりました。参考にさせて頂きます。