フリーランス医師について

業務委託契約の内容次第で、
健診業務でも事業所得として扱うことは可能です。
事業実態が明確であれば、開業届の提出および青色申告承認申請も可能です。

ただし、税務署は「給与的性格が残っているかどうか（＝実質的に雇用か）」を厳しく見ます。

ご回答どうもありがとうございます。
事業実態と実質的に雇用かの違い(事業と給与の違い)はこの健診業務の場合は具体的にはどのようなことでしょうか？
また、税務署が厳しくみるとなると、どのような対策ありますか？
よろしくお願い致します。

非常勤医師について、国税不服審判所の裁決事例では給与所得とされています。
依頼主の判断次第なところもありますが、いったん事業所得となっても将来的に給与所得に戻る可能性はあると思います。
税務調査や顧問税理士が何も言わなければ、事業所得のまま続くこともあると思います。