三姉妹による実家売却後の長期譲渡所得税の申告について

遺産分割調停で決定した不均等分配でも、それぞれ受取額（取得価額）に応じて長期譲渡所得を申告・納税で問題ありません。
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調停調書等の書類で説明可能です。

譲渡所得の計算・申告方法
実家売却は換価分割扱い。三姉妹の所有割合（調停決定分）が譲渡価額・取得費の按分基準。
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各人計算
譲渡所得 = 各人取得価額 － (取得費＋譲渡費用) － 特別控除50万円
長期譲渡（5年超）なら課税所得1/2税率（20.315%）。

不均等分配の税務対応
調停で「手出し返還＋残3等分」と合意なら、調停調書・遺産分割協議書で取得割合証明。税務署はこれを尊重し、各人申告認可されております。
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添付書類:

遺産分割調停調書

売買契約書・代金振込明細

取得費明細（相続税申告書コピー）

申告期限3/15。更正請求で調整可。
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公平分配合意なら税務上問題なし。各人別申告でOKです。

　後段でご説明されたとおり、最終的に確定した各人の受取額に応じた分に対する税額を計算することになるかと思います。
　長期所有なさっていた不動産ということで譲渡益にして２０％（正確には復興税を含み20.315％）の割合の所得税（分離・譲渡所得）が課税となります。ただし、うち、５％分は地方税（住民税）として２～３カ月ずれて納税をして頂くことになります。
　従いまして国税（税務署への申告）は15.315％ということになります。
　

遺産分割調停の内容を示す調書等に基づき、それぞれが実際に取得した金額に応じて長期譲渡所得を計算し、各自が申告・納税する取扱いで問題ございません。