確定申告の更生手続きに関して

配当収入を総合課税の配当所得で申告し、配当控除を受けて、配当の源泉所得税を納付税額から控除していますか。

分離課税で特定口座に載った配当金、源泉額を転記されていれば二重納税にはなっていませんね。

申告内容次第です。

正確に質問を理解出来ているか自信ありませんが、確定申告書Bの所得内訳で利子配当欄に収入3,783,640、源泉徴収税額579,461の記載、雑所得の欄に収入3,783,630、必要経費０、差引金額3,783,630と記載あります。

実際の申告書を以って、税務署に相談に行きましょう。或は、税理士の方に見てもらいましょう。すぐ、確定しますよ。
配当控除を受けてるかもしれないし、他にも間違いがあるかもしれません。

源泉分離課税で本来は申告不要も、確定申告を選択し、源泉所得税の還付を受けているとすれば、更正の請求はできません。
計算誤りの有無については、税務署にご確認ください。