障害者控除は、自分から確定申告する時に提出するのか？

事前徴収の口座というのは特定口座のことかと思います。
障害者控除は総合課税(給与所得や株式譲渡所得も総合課税を選択)なら、対象になりますが、分離課税では障害者控除は適用されません。

株式については、儲けや損失を証券会社で計算をして税金を分離課税で計算をしてくれる口座のことを
特定口座
といいます。源泉徴収については、儲け（所得）について20.315％課税されています。

この税金の計算は、各種所得控除（社会保険料控除、障碍者控除、、扶養控除、基礎控除など）を考慮されていません。

なので、確定申告を行うことにより税金の還付を受けることができます。

※ただし、確定申告をして還付を受ける場合には、期限内申告が絶対条件です。
特定口座は、基本的に申告不要なのでご注意ください。

前川裕之先生、ありがとうございます。
ということは、「分離課税で、障害者控除」ということ自体が誤っていた、ということですね。
少し調べたのですが、しかも、株式譲渡益は法的に申告分離課税が適用されることになっているようなので、最初から現制度では、「株式譲渡益と障害者控除」という組み合わせはあり得ない、ということですか？

西野和志先生、ありがとうございます。
株式譲渡益から必要経費を差し引くことはできませんか？
インターネット上で近年、雑所得か何かで申告すれば、これまでは一般的に株の利益から必要経費を差し引くことはできなかったが、新しい制度か判例でできる、というようなことを読んだのですが、プロの観点からはいかがですか？

特定口座は、源泉分離課税なので、先程も記載しましたが、確定申告を期限内に行えば、障害者控除も受けられます。