確定申告と医療費控除について

文面から分かる範囲内でお答えいたします。

支払額も源泉徴収税額も。
これってどのように調べているのでしょうか？

ホステスの収入は金額により税務署に届け出ることになっていますので税務署からならばこれかと思います。しかし、市役所でしたら、そういった届け出はないので、ほかの方法で調べたのかと思います。

確定申告にいけばその分報酬が確定するので市県民税などは下がりますか？

金額がわかりませんので断言はできませんが、下がる可能性があります。また、必要経費を差し引いて申告できますので、その分も下がります。

確定申告の枠としては還付金なので、延滞税などはかからないと書いてありましたが本当でしょうか？

還付でしたら延滞税はかかりません。また、遅くなったからと言って下げられることはありません。ただし、5年の時効がありますのでご注意ください。

・29年度派遣社員としての期間が3ヶ月あり年末調整の対象にならず自分で申告しなくてはいけないと言われたのですが行くべきなのでしょうか？

大抵の場合、還付となりますので、行かれたほうがいいかと思います。

ホステスと違い派遣社員の経費として書けるものはありますか？

この場合、経費となるものはないかと思いますのでないかと思います。

報酬と給与所得では確定申告の仕方が違いますか？

確定申告自体は一緒ですが、申告書の書く欄が違う程度です。

また、医療費控除ですが、ローン会社が絡んでいる場合はローン会社が病院に支払った年に全額控除となります。この場合、おそらく全額29年の控除対象になる可能性があります。
そして、申告の時期ですが、ローンを支払っている最中でも可能です。

ご参考になれば幸いです。

詳細がわからないので正確な回答は難しいですが、確定申告により還付されるケースが多いと思います。
派遣が、給与の場合は、収入から65万円の給与所得控除を引きます。
雑所得の場合も、家内労働者等の必要経費の特例が使えるケースがあるので、税務署でご確認ください。
医療費控除は、平成29年度に支払ったものが対象となります。