期限後申告のペナルティの支払い方について

　期限後申告の場合でも、普通に確定申告書を提出することになります。
　税務署は期限後申告書の提出があると、それを基に無申告加算税の税額を計算し、無申告加算税の金額を記載した納付書を期限後申告を提出した者に送付しますので、その納付書で無申告加算税を納めることとなります。
　次に延滞税ですが、これは利息にあたる税金なので、期限後申告をした所得税の納付が完了しないと金額がいくらになるか確定しません。
　そのため、期限後申告を提出したら、すぐに所得税を納めることをお勧めします。
　なお、延滞税についても無申告加算税同様、税務署から納付書が送付されますので、その納付書で納めることとなります。

期限後申告をする場合には、申告書は税務署の総合受付で提出し、税金は税務署か金融機関(銀行や郵便局)の窓口で先ずは本税のみを納めます。
納付書は税務署の総合受付で貰えますので、申告書の提出後速やかに納めてください。できれば申告書の提出と同日が良いです。

期限後申告書の提出と本税の納付が済むと、税務署は無申告加算税と延滞税の計算を行い、それぞれの納付書を納税者の自宅に郵送しますので、その納付書が届いたら金融機関の窓口で加算税と延滞税を納めてください。
それで完了です。
加算税や延滞税は自分で計算する必要はありません。

お二人とも回答ありがとうございました。
基本的な流れすらわからない初心者だったので、ひとつひとつ流れをご説明頂き大変助かりました。
これで安心して申告書を提出できます。