副業の確定申告について。

特別徴収でなければ、「副業」の情報等は本業の会社には、原則連絡が行きません。
　ただし、なぜ特別徴収にしていないかと会社が疑問に思ったり、連絡先などの関係で分かる可能性もないとは言えません。

副業を確定申告する場合、給与・公的年金等に係る所得以外（平成30年4月1日において65歳未満の方は給与所得以外）の所得に対する住民税については、普通徴収、又は、特別徴収を選択することができます。
副業が給与所得の場合には、原則、普通徴収は選択できませんから、本業の勤務先に、合算した住民税の納税通知書が郵送されます。
確認されたら良いと思います。