夫婦でそれぞれが事業主です。確定申告時社会保険料控除について。

国民健康保険料は、世帯主名で請求が来ますが、社会保険料控除は、実際に負担した人の所得控除になります。

今回は、合計で請求された健康保険を、確定申告の際にどう案分するかということだと思います。
税法だけのことを申しますと、全回答者の先生の言う通り、負担した者の所得から控除するということになりますが、按分方法がわかればその割合で負担すると推察して、回答させていただきます。
さて、合計請求された健康保険料ですが、自治体にもよるかと思いますが、
基本的に、その世帯の健康保険料の算定の根拠は、添付されているかと思います。
つまり、ご主人の所得が幾らでご本人の所得が幾らなので、健康保険が幾らになる、という資料があるかと思いますので、その資料に記載された、お互いの所得の割合に応じて、按分してみてはいかがでしょうか？
もし、そのような資料がない自治体であれば、自治体に請求してみてもよいかと思います。