マイホームを売ったときの特例について

3000万円特別控除の特例は、原則としては自己が居住していた「家屋」の所有者に対して認められる制度になります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3302.htm

そして、土地と家屋の所有者が異なる場合には例外的に、土地の所有者と家屋の所有者が生計一の親族で同居していた場合に限り、家屋で引ききれなかった特別控除の残高を土地の所有者から引くことができることになっています。
詳細の要件は下記サイトをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3311.htm

ご質問のケースは、家屋の所有者は相談者様で、実際にはその家屋には居住されていなかったとのことですので、3000万円特別控除を適用することはできないと考えます。

早速の回答、ありがとうございました。
丁寧な説明で納得いたしました。
尚、確定申告は土地の売却分＝父、建物の売却分は＝私となると思いますが節税の観点でベストの方法をお教え下さい。

ご連絡ありがとうございます。
売買契約書で土地代と建物代を明記することで、お父様と相談者様の各々の収入金額を明確にすることができます。
その上で、それぞれの取得費と譲渡費用を漏れなく計上することが譲渡益の圧縮に繋がります。
なお取得費には、購入時の仲介手数料や売買契約書の収入印紙、登記費用、不動産取得税などの諸費用を含めることができます。
また、譲渡費用には、売却時の仲介手数料や売買契約書の収入印紙、測量費用、現地案内時の交通費などを含めることができます。

ご丁寧な回答、ありがとうございます。
購入時の諸費用の内訳は４０年以上も大昔なので記録等がありません。
譲渡費用はこれからなので内訳がわかるようにしておきたいと思います。
尚、土地と建物の売却額は一括で５００万円程度と考えておりますが、売却時は便宜上、各々に分けて明記したいと思います。その場合、譲渡先と合意できれば適当に分割して良いのでしょうか？
（例：土地＝４００万円、建物＝１００万円）

ご連絡ありがとうございます。
土地と建物の価額の区分は、根拠のある合理的な方法で区分した方が良いと考えます。
一つの方法としては、固定資産税の評価額の比率で分けるという方法でも宜しいと思います。

回答ありがとうございます。
とても参考になりました。