確定申告還付の場合の住民税は？

1 給与天引き(特別徴収)の場合
6月から翌年5までの毎月の住民税が減額されます。
2.普通徴収の場合
6月から4回に分けて支払う住民税が減額されます。

雑所得等の副業がない場合、住民税で普通徴収を選択することができないので、原則、普通徴収での住民税戻しはできず、特別徴収分が減るということになります。

不動産所得は赤字
副業は黒字です。

1.給与天引きにするとどうなるのでしょうか？

給与所得はあるような書き方ですが、本業はサラリーマンで、その他に不動産所得や他の所得があるのとは違うのですか？

言葉足らずですみません。
おっしゃる通り本業はサラリーマンで給与所得があります。
あと不動産所得と、ウーバーイーツなどの雑所得があります。

サラリーマンで給与所得の場合、その部分についての住民税は特別徴収となると思います。そして、不動産所得のマイナスと雑所得のプラスを損益通算してプラスの場合は納税者の選択で、その分は普通徴収にできると思います。
ただし、逆に不動産所得のマイナスと雑所得のプラスを損益通算してマイナスの場合は給与所得に食い込むので、特別徴収される分が減らされるのが原則と思われます。