エステの商品在庫について

製造しているものだけでなく、施術で使用する化粧品も店頭で販売する化粧品も12月31日時点で残っているものについては期末在庫として計上してください。

化粧品は販売目的かエステでの使用目的かわかりませんので、購入時に仕入勘定（販売目的）または消耗品費勘定（エステでの使用目的）など費用処理している場合を前提とします。
　白色申告の場合には、在庫10万円を期末商品棚卸高（販売目的）または消耗品費の金額から引いた金額を収支計算書（青色の場合は損益計算書）へ計上することになります。
青色申告の場合には上記のほか、貸借対照表に期末商品棚卸高（販売目的の場合）10万円に計上、または消耗品（貯蔵品でも可）として10万円を計上します。
以上です。

購入時はエステで使用目的の業務用の化粧品と販売目的の化粧品をまとめて購入しています。
消耗品として処理していましたが、仕入勘定と消耗品勘定でわけないといけませんか？

分けた方が良いと思われます。
販売した時には商品の売上が帳簿と決算書に記載されますが、その売った商品の仕入れが計上されなければ売った商品はどこからも仕入れていないことになり、売上原価が算定できなくなります。