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マイホーム特別控除3,000万円適用で譲渡所得0円なのに、なぜ納税しなければならないか

給与所得があり、会社で年末調整をしてもらっているサラリーマンです。

毎年ふるさと納税をしており、確定申告し所得税は還付されていました。
今回の確定申告では、ふるさと納税の他に、マイホームの売却益が出たため3,000万円特別控除を適用したいと考えています。

「譲渡所得の内訳書」3面の「4 譲渡所得金額の計算をします」の「C差引金額」が250万円、「D特別控除額」が250万円で、「E譲渡所得金額」が0円になりましたが、申告書を作成すると所得税は還付とならず納税41,000円となってしまいました。

申告書の数値を色々変えて理解しようとしているのですが、
仮に給与所得のみで同じふるさと納税額を申告すると還付36,000円となりました。
(ここ数年給与所得とふるさと納税額はほとんど変わっておらず、この数字なら納得できます)

そこで、以下の点に疑問を感じています。


① 3,000万円の特別控除を受けてマイホームの譲渡所得が0円となれば、給与所得のみの計算とはならないのでしょうか?

② 本来のマイホームに関連する納税額は41,000+36,000円=77,000円ということでしょうか?譲渡所得0円なのに、課税されるということでしょうか。


税務署にも聞きましたが、ウェブサイト国税庁 確定申告書等作成コーナーは間違っていないため、なんでそうなるのかは説明できないと言われ、理屈がわからず困っています。
よろしくお願いいたします。

税理士の回答

納税額が41000円になる申告書を印刷して税務署に持参すればなにが変なのか説明してくれると思います。

可能性として考えられるのは、「配偶者控除」。
配偶者控除は、申告者の合計所得金額が1,000万円を超えると受けられません。
譲渡所得の場合は、特別控除前で計算します。
したがって、特別控除前の250万円と、給与所得金額との合計が、1,000万円を超えている場合が考えられます。

ご回答ありがとうございます。
質問後引き続き調べていましたら配偶者控除について行き着きましたが確信が持てなかったところ、今回納得できる回答をいただき腑に落ちました。ありがとうございました。

本投稿は、2020年02月17日 21時45分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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