フリーランスで業務委託で得た収入は雑所得になりますか？

1.雇用契約ではなく、業務委託契約であれば、雑所得になると思います。
2.源泉徴収票を発行している委託先については、実質的に雇用契約なのかどうかを発行先に確認した方が良いと思います。雇用契約であれば、給与所得として申告することになります。

実質的に雇用契約かどうかは、何をもって判断すれば良いでしょうか。

雇用契約は、労働者が雇用者の労働に従事し、雇用者がこれに対してその報酬を与える契約になると思います。雇用契約と同じく、他人のために活動をする契約として、請負契約や委託契約もあります。雇用契約の場合は、労働者は雇用者の指揮・命令に従って仕事をすることになりますが、請負契約や委託契約は、雇用主の指示ではなく自らの判断で独立して仕事をするという点が異なると思います。

指揮命令で仕事をする=雇用契約
独自判断で仕事をする＝請負契約や委託契約
ということですね。
取り交わした業務委託契約書には、指示されて派遣日・派遣先行くことや専門サービスの結果報告を求められているので、「指揮命令」のような気がしますし、専門サービスの仕事は「自らの判断でする」ので、雇用か委託かはグレーに思います。
「指揮命令」を決定づけるのはどんな要素なのでしょうか。

業務委託は、企業と雇用関係を結んでいるわけではなく、依頼主から直接の指揮命令を受けることはないため、自らの判断で仕事をすることになると思います。一方、雇用契約では、依頼主から直接の指揮命令を受けて仕事をすることになると思います。