同人活動での確定申告について

こんにちは、回答申し上げます。活動に関しては年末調整ではなく確定申告する必要があります。交通費等の領収書がないものは自分で交通費明細（行先、経路、金額）を記載することによって経費計上できます。
以上、何卒よろしくお願い申し上げます。

バイト先で年末調整があるのですがそこで年末調整はせずに自分で確定申告をしないといけないのでしょうか？（その場合いくらから申告が必要ですか？）

同人活動での所得が20万円を超えるようであれば、年末調整とは別途確定申告が必要となります。

同人活動の帳簿はつけていますが詳細はどこまでつけるべきでしょうか。（同人活動のために遠征した交通費や宿泊代、交通費など）

同人活動が事業所得とされるようでしたら、基本的には同人活動のために遠征した交通費や宿泊代、交通費などを含め、当該事業活動にかかる経費を帳簿として保存することが必要となります。ただし、青色申告の届け出をなされておらず、白色申告であれば簡易な記帳が認められます。また、当該同人活動が雑所得とされる場合においても、経費を計上するためには全ての経費につき帳簿を保存することが望ましいものと思われます。

レシートや領収書は出来るだけ保管してますが、電車やモノレールなど自動改札などの領収書が出ないものは場合はどうすればいいのでしょうか？

領収書のない経費につきましては、行先、金額、目的等を保存しておくか、出金伝票を作成されれば問題ありません。

以上、お役に立てますと幸いでございます。