株取引の特定口座(源泉徴収有り)で黒字、本業休業中の個人事業主は確定申告して還付を受けられますか？

トータルで、する必要はありません。
得する特定口座のみを、確定申告することもＯＫです。
還付も受けれます。

また、還付金を受けられる場合、国民健康保険料や住民税などの税率アップのことも考慮して確定申告をしない方がいいケースがありましたら、それはどのような場合でしょうか？

これについては、住民税の金額は、大体、課税所得の10％ですから・・・
これを含めて・・・考えます。
健康保険は、
含めた所得と、含めない所得で・・・役場に聞いてください。
結構違ってきます。
申告しないほうが良かったということもよく耳にします。
申告した後では・・・遅いので・・・
申告する前に・・・両方の数字を、国民健康保険のかかりに聞いたほうが良いです。

得するため・・・宜しくお願い致します。

ありがとうございます。大変分かりやすく説明していただいたおかげで素人の自分にもよく分かりました。

頑張ってください。
よろしくお願いします。