分離課税で還付されるのは所得税だけですか？

ご認識の通りです。

確定申告は国の税金である所得税の申告書ですので、「還付される金額」に所得税の記載しかないのは正常です。

市区町村の税金である住民税は、税務署から市区町村に確定申告書の情報が通知されて、それに基づいて、地区町村から還付等の事務処理がされます。

ありがとうございました。助かりました。
因みに給与収入ですと103万・100万以下だと税金がかからない事はわかるのですが、株の場合は一年間の譲渡益・配当所得など合計がいくらを下回ると（確定申告した時）還付になるのでしょうか。
（特定口座なので確定申告は不要なのですが利益が少ないので毎年確定申告したほうが良いと思いまして……）

ケースバイケースですが、
典型的な例としては、株以外の所得がなく、株式の所得が43万円以下であれば確定申告をすれば源泉徴収された税金の還付があります。

ありがとうございました。株の所得の計算方法は給与所得の計算とは違うのでしょうか。配当もあります。

はい。株式譲渡所得、配当所得の計算は給与所得と異なります。