個人事業主から会社員になった時の確定申告

こんにちは。
個人事業の確定申告では、特別なことはありませんけれども、国民年金の領収書は添付することになっています。
個人事業を廃業していないのであれば、小規模企業共済の加入、掛け金の控除は問題ないと思いますね。
年の途中で会社員、給与所得者になった場合には、その年分は年末調整しません。
翌年からは年末調整をしなければならないというのが原則です。
その上で、個人事業分の損益・所得を、給与の源泉徴収票に合算する形の確定申告を行うということになります。
取り急ぎ回答とさせていただきます。

① 個人事業税は所得控除ではありませんので、申告書に証明書を添付する必要はありません。
② 小規模企業共済の加入条件は「一定規模の個人事業主または会社役員」であり、兼業で事業を行う給与所得者（サラリーマン）は加入資格がないと思われます。このまま継続することには疑問がありますので、中小機構に確認された方が宜しいと思います。
③ 年末調整はしていただいても問題はありません。事業を継続されるのであれば、最終的に確定申告して頂ければ大丈夫です。

なお、「細々とあくまで事業は続けたいと思っていて・・」とのことですが、現在の事業が実態として「事業所得」に該当するのかどうかが疑問として生じてくる可能性があります。
事業所得に該当しない場合には雑所得となり、赤字が損益通算できないことになりますのでご留意ください。

以上、宜しくお願いします。

ご回答いただきありがとうございます。
確定申告を作成していて気付いたのですが個人事業税を払うのを忘れていて支払ったのが年明けでしたので、今回の確定申告の控除にできません。
今年（平成29年）個人の方の事業の所得が０円の可能性がありますが、その場合平成29年度（来年）の確定申告でこの個人事業税を控除にすることは問題ないのでしょうか。重ね重ねすみませんがよろしくお願いいたします。

個人事業税は賦課税方式による税金ですので、各納期の税額をそれぞれ納期の開始の日に必要経費に算入することができます（所得税法基本通達37-6）。
H28年分の個人事業税はその年において債務が確定していますので、支払いがH29年になってしまっても、H28年の必要経費とすることができます。H28年分の経費として処理しておかれた方が宜しいと思います。
下記サイトの「2」をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2210.htm

宜しくお願いします。