給与所得2箇所の場合

寄付金控除を受けるのであれば、本業の給与、副業の給与を含めて確定申告をすることになります。

本業の給与所得600万、副業のアルバイト（給与所得）5万の場合、自分で確定申告をすれば寄付金控除受けられますでしょうか？


もちろんです。受けれます。
確定申告をしないでも、ワンストップ特例は受けれる。
下記参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1900.htm

アルバイトが20万以下でも住民税の手続きが必要になり、そうな？とワンストップは受けられないのではないですか？

給料の場合には、住民税申告しないでも、役場に、送られてきた給与報告書をもとに、2か所＋します。
安心ください。
ワンストップも受けれます。