支払い調書に12月分の報酬が反映されていないときの確定申告について

12月に発生する報酬は通常通り記帳して、確定申告を行っても問題ないのでしょうか？

→問題ありません。寧ろ現在されている処理が正しいです。

今年度分の確定申告をするといくらか源泉徴収税が還付される予定で、恐らく12月分の源泉徴収税も還付されます。
この点は特に問題ないのでしょうか？

→問題ありません。寧ろ正しい処理です。

相手方の支払調書は実際に支払った金額で現金主義ですが、事業所得は発生主義なので、必然的にズレが生じます。
なお、例えば確定申告で還付税額が生じ、その還付税額に12月分（翌年1月支払い分）が含まれる場合は、支払いを受けた後に「源泉徴収税額の納付届出書」を提出することで、上記の還付税額も還付されます。

詳しくご回答いただきありがとうございます！
「源泉徴収税額の納付届出書」の存在は初めて知りました。
詳しく調べて、提出したいと思います。

11月分の報酬までで還付金がある場合は、通常の確定申告のみで還付されるのでしょうか？
また、源泉徴収税額の納付届出書の提出は1月末に12月分の報酬が実際に振り込まれた後という認識でよろしいでしょうか？

度々の質問で申し訳ございません。
もしよろしければご教示いただけますと幸いです。

11月分の報酬までで・・・はその通りです。
1月末に12月分の報酬が振り込まれた後・・・は当初の回答で支払いを受けた後に提出すると記載している通りです。

ご回答ありがとうございました。