住宅取得時の親からの贈与と借り入れの併用について

ご記載のようなケースでの贈与認定はとても厳しいと考えてください。
500万円について金銭貸借に関する契約書を作成し、合理的な金利付きで実際に現実的な期間で返済がなければ、贈与と認定されます。
逆に金銭貸借に関する契約書を作成し、合理的な金利を払い、現実的な期間で実際に返済を続ければ、普通は大丈夫であると思います。
毎年110万円の基礎控除で、ということを前提にしてもアウトですし、そのような前提が契約書等の証拠として見えなくても、そのようなことをしていると最初から返さないつもりであったという指摘を受けると思われます。

ご回答ありがとうございます。
つまり、金銭貸借契約書を作成し、合理的な金利、返済期間を設定していれば、購入時には贈与として指摘されないが、翌年以降に返済と同程度の金額の贈与を受けていると、遡って贈与と指摘され贈与税を課される恐れがあるということでしょうか？

ご記載の通りだと思います。
契約書類に明記され、なおかつ実際に支払っていなければならないと、贈与だと指摘される恐れがあります。