共有名義の口座からの頭金

ご質問の奥様名義の口座はお二人の共有財産になっていると考えられます。
つまり、奥様の収入とご主人の収入の両方で形成されたものと思われますので、これまでの収入の比率等の合理的な基準で現在の残高を「奥様の残高」と「ご主人の残高」に論理的に分けることができると考えます。
合理的にお二人の残高を区分したうえで、ご主人の残高相当額を一旦ご主人の口座に移し(本来の所有者の口座に戻し)、その後にご主人の口座から住宅の頭金の支払いをするのが望ましいと考えます。

もう三年以上その口座でやりくりしていて、生活費も大きいものの購入も、全てそこからなので、残高でどちらがどちらのか分かりません。
そこから頭金を支払い、税務署から問われた際に、夫の源泉やその通帳(私名義ですが夫の給与が入っている)を見せて、夫分から支払ったことを説明してはダメでしょうか？

110万以上から贈与税はかかるのですよね。
年収の割合で、夫6：妻4なのですが、例えば200万頭金をいれるとしたら、妻は200万中80万の持ち分ということなので、110万以下なので、贈与税はかからないでしょうか？

生活費はお二人の共通の支払いと考えられますので、現在の残高はやはりお二人の共有財産になると思われます。
このままの状態を継続していると常に今回と同様の悩みが発生しますので、改善する良い機会ではないかと思います。

〉夫の源泉やその通帳(私名義ですが夫の給与が入っている)を見せて、夫分から支払ったことを説明してはダメでしょうか？

金額的にご主人が預け入れた分ということが説明できれば是認されると思いますが、根本的な解決にはならないと思いますので、今後に向けて改善を検討されてはいかがかと思います。

なお、年間の贈与額が110万円以下の場合には贈与税はかかりませんので、今回の支払い分の説明に関しては上記の理論も可能と思われます。
しかし、繰り返しで恐縮ですが、根本的な解決にはならないと思います。