遺産分割に悩んでます

平等を優先するのか、税負担なしをと考えるのかは、どちらとも言えません、考え方次第でしょう。
なお、可能であれば代償分割で、共有登記は避けたいところです。

3人で等分に相続すると、相続税の控除額の制限を超えるということで、相続税を抑えるため

とはどういうことでしょうか？
遺産額が6600万円であれば、相続人3人の基礎控除額4800万円を超えていますので、相続税申告納税が必要になります。

土地と母屋部分を妹の相続にし、１Fの賃貸を1部屋づ2人が相続。

ということは区分所有登記がされているということでしょうか。

相続人間で将来の処分（売却、賃貸、居住）方針が異なった場合、不動産を共有で相続するのはお勧めできません。
たとえば、まず不動産の時価評価を不動産業者などに査定してもらい、妹様に不動産を全部相続させ、査定額の1/3ずつを他の相続人2人それぞれに代償金として支払う方法もあります。
預貯金も1/3に分割することで、妹様は代償金支払いのために自身の財産からの持ち出しにはなりますが、平等な分割ができます。
妹様主体で相続手続きが進んでしまっている様子がうかがえますので、是非、相続税分野に強い税理士に具体的な相談をし、後悔しない遺産分割協議をしてください。

アドバイスありがとうございます。
平等に分配できるよう税理士に相談したいと思います。3人共有はいい方法ではないのですね

妹主導で相続手続きをしてます。しかし正確な財産目録を明らかにせず、姉弟ともども問題を感じております。
現在区分所有登記の書類を司法書士に依頼しているようです。

はい、不動産の共有は好ましくありません。
また、代償金を払えないのに不動産の持ち分を多く取得しようとすることもいかがなものでしょうか。

財産のすべてを把握しないまま、遺産分割協議などありえません。
十分に納得いくまで、お話し合いをしてください。

相続税申告期限まで遺産分割協議が整わなければ、とりあえず未分割の申告（法定相続分で申告）をすることになります。

場合によっては、弁護士を依頼することも検討してはいかがですか。

ありがとうございます
司法書士に問い合わせましたが財産表の存在を確認しました。
妹から一覧を送ると返事をもらいました。
話によっては弁護士も検討したいと思います。

当初相続税の控除内になるプランだと言われ
相続税申告期限は過ぎております。
どうすればいいか税理士に相談したいと思います。

ありがとうございます
司法書士に問い合わせましたが財産表の存在を確認しました。
妹から一覧を送ると返事をもらいました。
話によっては弁護士も検討したいと思います。

当初相続税の控除内になるプランだと言われ
相続税申告期限は過ぎております。
どうすればいいか税理士に相談したいと思います。