自分の口座の一部が被相続人のお金の時

贈与ではなく預り金なのであれば、その入金が記帳されている古い通帳のコピーを申告書に添付してください。
残高証明書は取得しなくてもかまいません。

税理士さんはその場合、この通帳の500万円内,150万円が被相続人の分であるというコメントなどを記載するのでしょうか?

税理士によりますが、私ならコメントします。

当時贈与税を支払っていないので、贈与とは認められないと思いまして。その場合は預り金でよろしいのでしょうか?
また自分のお金と合わせて定期預金にしているのですが、この場合は残高証明書+既経過利息計算書も要りますでしょうか?
自分の預金のお金と混じっている場合は、通帳のコピーも添付し、この分が被相続人のお金だと分かるように最初からしている方がいいですか?

そんなことはありません。
双方であげますもらいますという意思があれば贈与は成立します。
贈与税申告を失念したことは好ましくありませんが、申告をしなかったからといって、預り金にしなければならないということはありません。
ただし、税務署がどう指摘するかは別問題です。
相続税申告を依頼する税理士に相談してください。