不動産の換価分割について不安なところがあるので教えてください。

相続の不動産の名義変更手続きを代行してくれる業者

とは有資格者のいる業者なのでしょうか。
お考えのとおり、税務を無視した手続といえます。
本来は、換価分割の目的であなたが取得する旨を遺産分割協議書に記載すべきです。
遺産分割協議書はもちろん法的には変更は可能ですが、税務上は当初の遺産分割協議書であなたが単独取得したことになり、その後、換価分割に変更すれば、お兄様への売却収入分は贈与とされる可能性があります。
当初、法務局に提出された遺産分割協議書が税務署に把握されるかどうかは分かりませんが、たとえば、錯誤として登記し直すことができるかどうか法務局に問い合わせてみてはいかがですか。

これまでの流れを説明させてもらうと、

数ヶ月前に相続で私の名前に名義変更してもらって、その後に買主様が見つかり数日前に家の引渡しや売却代金が振り込まれて名義は買主様の名義になりました。
その後、業者に名義変更してもらった時の事を思い出し不安になり税理士ドットコムで相談させていただいている状態です。

兄にまだ売却代金は分けていませんが、この状態のまま兄に売却益を分けた場合、コチラで別途作成した協議書は効力が無いという事で贈与税を取られてしまう可能性があるという認識でよろしいのでしょうか？

それと、私の名前から買主様の名前に名義変更した時は司法書士が名義変更してくれています。
このような状況の場合は私が法務局に直接問い合わせて内容変更をお願いしても大丈夫なのでしょうか？
それとも買主様への名義変更をしてくれた司法書士に連絡した方がよろしいのでしょうか？

繰り返しになりますが、先メールのとおり、新たな協議書の効力がないわけではないものの税務上は贈与になるということです。
法務局に問い合わせた方がよいのではないですか。

ご助言ありがとうございます。

何度もすみませんがもう1つお答えいただけると助かります。

先ほど前にスマホで撮っておいた出し切りの遺産分割協議書の画像を確認したら、遺産分割協議書と書かれたタイトルの上に、

「 [登記用/還付不要] 本書は相続登記をするための書面です。相続登記をする不動産以外の遺産や不動産の分割方法に関する記載はしていません。」

っと書かれていました！
このような場合は別途作成してこちらで保管してある協議書に換価分割等の記載があるのなら問題は無いですか？

そのような記載があるからといって、問題がないということにはならないでしょう。
どちらかというと、その業者が責任を負わないための記載ではないですか。

ご助言いただけたおかげでなんとかなりそうです。
ありがとうございました。