遺産相続に絡んだm&aについて

阪神税務総合事務所の冨岡です。
Ｍ＆Ａは非常に難しい問題です。ここに書いて頂いた内容だけで判断するのは非常に困難です。
あなたのご質問に対して可能な範囲で回答致します。
1.　新会社に事業を移すことは可能です。しかし先方にとっては株式を売却する方が
　有利でしょう。なぜなら株式は個人の所有で、課税関係が源泉分離課税で20％の負担で済むからです。営業譲渡の場合には法人の益金となり、法人税等の負担が発生します。20％以上の負担が見込まれます。その他、分割できない理由に挙げられていた借入金についても会社ごと譲渡してしまえば、負担は新株主に移行しますが、営業譲渡であれば相手方の負担のままです。
2.　株式を買い取る方法で行くのであれば、だれが株式を買い取るかをまず決めなければなりません。あなた個人なのか、別会社を作り法人で買い取るのか。問題の会社自身会社からの借金すると言うことでしょうか？自社株買いという方法もありますが、、個人に会社が資金を貸し付けるというのは望ましくない方法です。
本当にざっくりとした回答になってしましましたが・・・
税務上の有利不利、様々なデリケートな問題もありますので税理士に関与してもらうのが良いと思います。