土地建物の名義変更について（相続か贈与か）

相続税はかからない前提で回答します。
土地及び建物のうちのお父様の持ち分（2/3）をあなたが相続してはいかがでしょうか。
お母様の建物の持ち分（1/3）はそのままにしておき、将来の二次相続で相続します。
理由は次のとおりです。
・贈与があれば、贈与税や不動産取得税がかかる。
・贈与の名義変更登記の登録免許税の税率は、相続の名義変更登記のそれよりも高い。
・今回の相続でできるだけ次の世代に相続財産を移転させたほうが二次相続で名義変更登記などの負担が少ない。

お父様もお母様も相続税が課税される程の財産は保有していない前提で回答いたします。

不動産の所有権が移転したときには、登録免許税と不動産取得税が課されます。
相続による移転の場合、登録免許税は固定資産税評価額の0.4%、不動産取得税は非課税となります。
一方、贈与による移転では、登録免許税は固定資産税評価額の2%、不動産取得税は固定資産税評価額の4%(令和6年3月31日までの取得の場合は3%)課税されます。

したがって、既に相続が発生しているお父様の土地と建物持分については、ご相談者様が相続し、お母様に相続が発生したときにお母様の建物持分もご相談者様が相続した方が税負担は軽くなります。

中田先生、松井先生ご回答ありがとうございました。返答が遅くなり申し訳ございません。

母名義を残せば、二次相続時に再度登記が必要となり、費用がまたかかるため、できれば一度で手続きを済ませたいと思ってました。
ちなみに、贈与時にかかる登録免許税2%と不動産取得税3%は、生前贈与の110万を引いた額で計算してよいのでしょうか？
建物の評価額が600万で、母の持分は200万、110万を引いて単純計算すると、90万に対して税率がかかると考えてよいでしょうか？

贈与時にかかる登録免許税2%と不動産取得税3%は、生前贈与の110万を引いた額で計算してよいのでしょうか？
建物の評価額が600万で、母の持分は200万、110万を引いて単純計算すると、90万に対して税率がかかると考えてよいでしょうか？
→登録免許税と不動産取得税は、贈与税とは全く別の税金です。
　基礎控除が110万円あるのは贈与税のお話で、登録免許税と不動産取得税は贈与税と別に課されます。
　お母様の持分に係る建物の固定資産税評価額が200万円で、贈与で移す場合と相続で引き継ぐ場合で比較すると次のようになります。

1.贈与で所有権を移転する場合
① 贈与税
(200万円-110万円)×10%=9万円

② 登録免許税
200万円×2%=4万円

③ 不動産取得税
200万円×3%=6万円

④ 税負担
①+②+③=19万円


2.相続により引き続ぐ場合
① 相続税　お母様の遺産が相続税の基礎控除以下と仮定してゼロ円

② 登録免許税
200万円×0.4%=8,000円

③ 不動産取得税　相続により取得なので非課税

④ 税負担
①+②+③=8,000円

以上のように相続税が課税されない場合には、不動産は相続で引き継ぐ方が税負担が少なくなります。

余談ですが、お母様の持分を贈与で移すには贈与契約書が必要ですし、お父様の相続登記とは別で移転登記の申請を法務局にすることになりますので、法務局に対しての手続き量はあまり大きく変わらないかと思います。
なお、贈与であれば、お母様とご相談者様間で合意があればできることですが、相続のときは相続人全員で遺産分割協議をしなければなりませんし、戸籍謄本なども提出しなければなりませんから、そこは贈与より相続の方が手間と言えますね。

再度申し上げますが、一般的にはお母様の持ち分はそのままにした方が費用面では有利です。
登録免許税や不動産取得税は贈与税とは異なりますので、贈与税の基礎控除額110万円は引くことはできません。
お母様の持ち分200万円を贈与すればお考えのとおり90万円の10％の9万円の贈与税がかかります。
なお、お子様お一人であれば、お母様の相続時には当然のことながら遺産分割協議は不要です。

回答ありがとうございました！

松井先生の具体的に数値を示した説明は大変参考になりました。言葉足らずの質問でしたが、知りたい内容が網羅されてスッキリしました。
御二方にベストアンサーつけられないのが申し訳ないです。