賃貸物件のある建物の相続について

建物は区分登記されているわけではないと思われますので、このままでは
（賃貸アパート部分と自宅部分（2階、3階）を弟に、賃貸店舗（1階）を姉に、という分け方）

はできないです。
時間と費用がかかりますが、遺産分割協議前に区分登記をしてから、分割することはできるでしょう。

なお、遺産分割協議前の家賃収入は法定相続分によりそれぞれの相続人の収入となり不動産所得の確定申告が必要です。
また遺産分割協議後の家賃収入はその不動産を取得した相続人の収入となり不動産所得の確定申告が必要です。

ご回答いただきありがとうございます。

このような変則的な相続の仕方はやめた方がよろしいでしょうか？

先述のとおり、一つの建物を区分して相続するためには遺産分割協議前に区分登記をしなければなりません。
時間と費用がかかりますが、家賃収入を分けたいのであれば、これが必要です。

なお、一つの建物を共有して相続するのであれば、共有持分割合に応じて家賃収入を按分することもできますが、将来、所有者（相続人）の間で賃貸か売却かで意見が分かれるとトラブルになりかねませんのでむしろこのほうがお勧めできません。

わかりやすいアドバイスをありがとうございました。参考にさせていただきます。