相続手続きの対象となる保有財産を把握するにはどうしたらよいでしょうか

まずは口座があると思われる金融機関で手続きをとるのでしょうか

通帳・証書があればもちろんですが、そのほか金融機関名が印字されたカレンダー、手ぬぐい、メモ帳などを基に口座の有無を確認することになります。

税理士に依頼する時に必要な書類はありますか？

申告書作成のためあるいは申告の要否検討のためには、相続開始時の残高証明書や通帳保管がない期間の預貯金取引履歴証明書などの取得が必要となります。

把握もれであとからわかった場合はどうなりますか。

申告しておらずに申告が必要な場合は期限後申告、申告していて過少であった場合は修正申告が必要になります。
基礎控除額ギリギリの場合は、加算税の賦課を考慮し、納税額なしの申告をしておくことも有効です。

回答ありがとうございます。追加で質問させていただいてよいでしょうか。

1.金融機関口座は大体把握できましたので残高証明書を取得します。
相続開始時とは死亡診断書記載時でしょうか。
口座の凍結を知らずに葬儀時、口座預金の一部を引き出してしまっております。
戻す事もできないのですが、、。

2.【納税額なしの申告】の意味がわかりません。

よろしくお願いいたします。

相続開始時とは除籍謄本や住民票の除票の死亡年月日です。（死亡診断書の死亡日と同じだと思われます。）
葬儀時に引き出しても相続開始日より後ですので、残高証明書には影響しません。

基礎控除額をギリギリ下回る場合、過少申告加算税がかからないように納税額はなくても申告しておけば、納税額なしの申告になります。

有難うございます。
面倒な事にならないかと心配でしたが、少しホッとしました。
過少申告加算税の件はわかりました。