特別受益は、相続税申告時に含めるのでしょうか？

原則、特別受益は相続財産ではないので相続税申告に含めません。
ただし、相続前3年（7年）以内の贈与であれば相続財産に加算しなければなりません。

特別受益は財産が未分割の際に民法第９００条に規定する法定相続分で各相続人に帰属する相続額を計算する場合に実際の遺産額に特別受益を加算したうえで、法定相続分で分割した場合の各相続人の取得財産額から特別受益を受けている相続人は法定相続分に対応する金額から特別受益額を差し引いた金額がその相続人の法定相続分となります。したがって、結果的に特別受益を含めて申告するということではありません。
（例）遺産総額１億円　特別受益2,000万円（受益者　相続人Ａ）
　　　相続人３名（Ａ・Ｂ・Ｃの３兄弟）　とした場合、
　　　分割対象額　１億円＋特別受益2,000万円＝１億2,000万円
　　　各人の法定相続分　１憶2,000万円×法定相続分１／３＝4,000万円
　　　各人の法定相続額　Ａ　4,000万円－特別受益2,000万円＝2,000万円
　　　　　　　　　　　　Ｂ　4,000万円
　　　　　　　　　　　　Ｃ　4,000万円　　　
　以上のようになります。なお、特別受益が影響するのは、あくまで申告時点で未分割の状態である場合ですので、分割協議が成立すれば、特別受益を考慮する必要はありません。

　　　

追伸
　相続財産を取得した相続人が相続開始前３年以内に被相続人から贈与を受けている場合は、各相続人が取得した分割財産額に相続開始前３年以内に被相続人から贈与を受けた財産を加算する必要があります。これは、分割済であるか未分割であるかを問いません。

ご回答ありがとうございます。

兄の特別受益は、２０数年前の家購入時の頭金になります。

遺産分割協議においては、特別受益を考慮の上、分割を行い、
相続税申告の際には、分割を終えているので、特別受益を考慮しない、
という考え方でよろしいでしょうか？

　そのお考えで結構です。よろしくお願い致します。

お考えのとおりです。
「兄の特別受益は、２０数年前の家購入時の頭金になります。」
ということであれば、相続開始前3年以内の贈与ではないので、相続税申告には影響しません。