申告期限が過ぎた相続税の申告

お父様が亡くなられた後の申告期限切れ、およびお母様の突然の御不幸（数次相続）が重なり、大変ご不安なことと存じます。

結論から申し上げますと、申告期限が過ぎていても、またお母様の印鑑証明書が取れなくなっていても、お父様の相続税申告を行うことは可能です。

司法書士様のおっしゃる通り、お母様本人の印鑑証明書を取得することはできませんが、税務上・法務上の適切な手続きを踏むことで解決できます。ポイントと今後の流れを整理いたしました。

【1】お母様の印鑑証明書がない状態での申告・協議書の扱い

お父様の遺産分割協議において、生前にお母様が署名・実印を押印されていた場合、その協議自体は有効に成立しています。

ただし、お母様が亡くなられたため本人の印鑑証明書は発行できません。この場合、お母様の相続人（質問者様やお兄様・お姉様など＝数次相続人）が、お母様の立場を承継して協議内容を「追認（承認）」するという手続きをとります。

具体的には、お母様が押印した遺産分割協議書に対して、数次相続人全員で「遺産分割協議書が真正に作成された旨の証明書（または追認書）」を作成し、数次相続人全員の実印押印と印鑑証明書を添えることで、税務署および法務局（登記）で正式な書類として認められます（昭和30年4月23日民事甲第742号登記先例）。

【2】期限後申告と税額計算（特例の適用について）

申告期限（10か月）を過ぎてしまっていますが、「期限後申告」として今から申告書を提出することができます。

① 配偶者の税額軽減や特例の適用
期限後申告であっても、遺産分割が正式に確定（上記のように証明書により完成）していれば、お母様が取得する分の「配偶者の税額軽減（1.6億円まで非課税）」や「小規模宅地等の特例」を適用して申告することが可能です。

② ペナルティ（加算税・延滞税）について
税額が発生する場合は、期限後申告に伴う「無申告加算税」や「延滞税」が発生する可能性があります。ただし、配偶者の税額軽減等を適用した結果、納付税額が0円になれば、加算税や延滞税もかかりません。

【3】お母様の相続（二次相続）もセットで考える必要がある

今回は「お父様の相続（一次相続）」の直後に「お母様の相続（二次相続）」が発生しているため、以下の2段階で進めることになります。

（1）お父様の相続税申告（期限後申告）
お母様が生前に分割協議で取得することになっていた財産を確定させ、お父様の相続税申告を行います。

（2）お母様の相続税申告（二次相続）
お父様からお母様が取得した財産＋お母様自身の固有財産を合わせて、お母様の相続税がかかるかどうかを計算・申告します（お母様の申告期限は、お母様が亡くなられたことを知った日の翌日から10か月以内です）。

【4】まとめと今後の具体的なステップ

お母様の印鑑証明書がないからといって申告ができなくなるわけではありません。

まずは税理士や司法書士と連携し、実務上の正式書面である「遺産分割協議書が真正に作成された旨の証明書」を用意して書類を完成させ、お父様の期限後申告を速やかに行うことをお勧めいたします。

ご参考にしていただけましたら幸いです。
内容がお役に立ちましたら、ぜひベストアンサーに選んでいただけますと大変励みになります！

生きているかだで、それぞれの分割協議を作成します。
お父様の分をすべてお母様が相続すれば、金額によりますが、相続税は０円になることがあります。
安心ください。
そのように申告すればよいのです。
近くの税理士会にご相談ください。

遺産分割協議書は有効で、「遺産分割協議書が真正に作成された旨の証明書」を作成すれば期限後申告等に利用できます。
さらに念のため、補足します。
文面によると、遺産分割協議書は相続税申告期限後に作成していると思われますので、期限後申告の際には申告を依頼する税理士に適正な申告をしてもらってください。
なお、すでに遺産分割協議書を作成済みなのですから、（法的には作成し直しができても）作成し直すと税務上は贈与と見なされる可能性がありますので注意が必要です。