会社に不動産を遺贈した場合の自社株に対する相続税について

おおむねそのとおりです。

不動産に限らず、遺贈すればそうなります。
そうしないと、価値ある財産を会社に遺贈すれば、課税回避が行えることになってしまいます。甥は、自社株の評価が上がった分を遺贈により取得したことになり、子は価値の上がった株式を相続により取得したことになります。

なお、非上場株式の評価は、純資産方式だけでなく、類似業種比準でも評価しますから、直接、取得するより相続税が安い場合が多いと思われます。

早速のご返答ありがとうございます。
追加で申し訳ありませんが、甥は他の財産を取得していないのに、相続税の申告をみずから行うということでしょうか。

その他の経済的利益を遺贈により取得したとみなされていますから、自ら相続税の申告を行うことになります。
なお、相続税はみなし遺贈を知ったときから10ヶ月以内です。
他の相続人と申告期限が同じとは限りません。