代償分割時の相続税計算

結論的には、「小規模特例を勘案した計算方法」はありません。
つまり甲が取得する相続財産は、計算上△3,000万円（2,000万円－5,000万円）となりますが、これはゼロと考えるより他ありません。このマイナス分を乙や丙のプラス分と相殺することを認める(いわば損益通算のような)規定はないのです。
その結果、マイナスが生じない遺産分割を行えば、課税価格の合計額は7,000万円となりますが、この代償分割を採用しますとこの合計額は1億円になってしまいます。したがって、その分相続税の総額が増えてしまうわけです。しかしこれは現行の税法の規定上やむを得ないこととなります。
やや余談かもしれませんが、この仕組みの背景を考えると、日本の相続税の仕組みが「遺産取得課税方式」を採用していることに行き着くように思います。つまりこの方式は「被相続人の遺産総額がいくらあったかに注目するのではなく、各相続人がそれぞれいくらの財産を相続したかに注目し、その相続人に対して相続税を課税する」という考え方です。
つまりこの事例でいえば、「乙や丙はそれぞれ5,000万円ずつ相続しているのだから、これこれの税金を納付していただく」という考えです。
その一方、被相続人の遺産総額は7,000万円（土地2,000万円＋預金5,000万円）だから(相続人が何人いよう関係なしに)税額はこれこれ、という考え方は「遺産課税方式」といわれています。この「遺産取得課税方式」と「遺産課税方式」のどちらを採用するかは、国によって異なっています。

どうもありがとうございます。
遺産が特例を受ける土地がほとんどの場合は、相続人が遺産（土地は特例適用前の価格として）を均等に分割しようとすると税金トータルでは損をするということですね。甲の権利を強くしているのか、制度上の欠陥（？）なのか、どうなんでしょうか？
追加の質問ですが、分割協議書で代償分割の交付期限を３年後位にしても問題ないでしょうか？
その位の期間が無いと甲が支払できません。税務署に問い合わせた時には「それは当事者が決めること」と言われました。一歩間違えると「贈与」と見なされるのではと心配なものですから。

お答えが大変遅くなりました。
代償分割の交付期限を３年後、という件ですが、私も未経験であり確たることはいえません。しかし「３年後」に客観的な必然性（資金繰りの逼迫等）がありさえすればＯＫなのではないでしょうか。逆に「３年後」にした理由が漫然としているのであれば、遺産分割の一環とはみなされず、贈与等と認定される余地があると考えます。
なお、小規模宅地の特例の結果トータルで損をすることがありうる、というのは制度上やむを得ないように思われ、欠陥とまではいえないように考えます。