3000万控除　税務調査

国税OB税理士です。
所得金額が、３０００万円分が０円になるかどうかですから、税務署もきちんと精査します。要件に合致しなければ、当然ながら使えないと指摘します。
詳細については、具体的に個別相談を行わないと何とも言えませんが。

このケースでは、
具体的に特例のどの条件が足りないのか（例：住んでいた物件を賃貸してから譲渡した場合）、
もしくは、重複特定適用の禁止に引っかかっている（例：前年に住宅ローン控除を受けている場合）、
譲渡先が不適用者の場合（自社法人または親子へ売却しているなど）なのかを聞くと良いです。
・関与税理士さんがあるようなので、再確認して問題解決に当たってください。
・一例としては、一時的利用が疑わしい場合は、状況の収集をどのように税理士が結論付けて居住用認定したのかがポイントになりますし、一部、非居住用としたケースでは、居住用とは認定できない一部の面積計算部分だけが特例不適用になります。