国外財産調書制度に関して

対象は申告書、となり、その申告書に漏れがあり、国外財産調書に載っていなかった。
2016年度には載せていない。
2017年度には載せた。

税務調査で2016年度の国外財産調書に未記載のもので漏れが生じた。この場合の取り扱いはどうなるか、といったことになりましょうか。
国外財産調書を提出期限内に提出した場合には、国外財産調書に記載がある国外財産に関する所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」といいます。）又は相続税の申告漏れが生じたときであっても、その国外財産に関する申告漏れに係る部分の過少申告加算税等について、5％軽減されます。

とあるため、期限内に提出されていなければ、瑕疵は治癒されない。よって、申告書は原則5年が時効となりますので、その期間は治癒されませんね。

過去の分は遡及的に出しても期限内で無ければ意味が無いので、進行年度分から出すのと同様の効果を持つことになりましょうか。

他方、仮に申告漏れを把握されている場合、速やかに修正申告することがペナルティを軽減することに繋がりますね。調査前にすると軽減措置がありますので。

無申告の場合のペナルティの適用例はまだないと思います。あれば、専門誌に載りますが、これらの規定は、形式規程となりますが、罰則を課される、といったものは当面は無いものと思われます。

余りにも添付率が悪く、また、徴税上看過できない事態が生じれば、課すことも出来るといったけん制効果を図っているのがこれまでとなるでしょうか。
今後は、判りませんが、大きな方針の変更の話は聞きません。

多額の脱税事件で査察に立件されない限り、ご質問のペナルティはありません。

懲役や罰金に至るまでには多くの段階を踏みます。
税務署と話し合い、納得できれば指導に従い、当然すべきことをしている限り、そんなことにはなりません。

ご質問の意図としては、懲役や罰金が課されないギリギリまで、提出しないでいる方法でしょうか。
近年、課税に対する国際的な協力は、著しく進歩しています。
ご相談者様ご自身のために、規定通りに、提出されるべきです。