税務調査の連絡

調査日までに自身で申告書を作成し事前に提出しても大丈夫だと思います。しかし、税務調査の実施が無くなるかどうかは税務署の判断になります。

その場合、ペナルティは変わりますでしょうか？
それとも同じ率のペナルティでしょうか？

調査日までに申告書を作成して提出することは可能です。
万一、申告漏れ等があって、過少申告加算税等がかかる場合、調査開始前に自主的に修正申告等することで、加算税が減免されることがあります。
しかし、税務調査がなくなることはありません。