源泉徴収票について

源泉徴収票がもらえなくても、給与明細等があれば、その内容に基づいて給与所得は、計算できると考えます。

年末調整と確定申告を混同されていらっしゃいませんでしょうか？
今現在アルバイトされているところで1年分の源泉徴収票をまとめてくれるというお話しは年末調整をしますよ。という事だと思います。しかし、一部源泉徴収票が入手でなければ、今のアルバイトされているところでは年末調整できません。
結果、年調未済で2箇所の源泉徴収票と源泉徴収票を入手出来ないところの給与明細を持って来年確定申告時に税務署へ行かれたら如何でしょうか。

今現在持っている源泉徴収票二ヶ所分だけで年末調整を行った場合どうなりますか？

年末調整を行うのはご質問者様がお勤めされていらっしゃる事業主様です。
事業主様とご相談されたら如何でしょうか？
それ以上はご回答致しかねます。