年末調整　

勤務先に扶養控除等申告書を提出されていれば、年末調整の対象になります。パート先において、年調の書類を提出されていれば年末調整がされます。

パート先で配られた年末調整の用紙が税理士事務所独自の用紙みたいなもので、年末調整をするかしないか選択してチェックすることができるのですが、しないを選択しても問題ないのでしょうか？

扶養控除等申告書を提出されていれば、年末調整をすることになります。