公務員で海外派遣の年末調整について

回答します

　公務員の場合、仮に1年以上の海外に居住する場合であっても「居住者」として取り扱われ、日本国内に居住する一般の公務員と同様日本国での課税がされます。
　そこで、日本国内の国又は地方公共団体から支払われる給与に関しては年末調整の対象となります。
　今回のケースにおいて、貴団体に年末調整を行う義務がある場合は、あくまでも「年末調整」できる給与は貴団体で支給した「給与」のみとなります。（派遣後の支給が無ければ派遣前の給与で行います）
　
　また、国際機関で支給された報酬が、日本国内で課税対象となる場合は「国外払いの給与」となるため、本人は所得税の確定申告を行い、所得税の精算を行うことになります。

　ただし、国際機関の給与・報酬ですが、その国際機関ごとに取扱いが異なると聞いています。残念ながら詳細は各国際機関に確認しないと不明です。

　なお、公務員の方のことであれば、国際機関の課税関係も含めて、貴団体を通じて国税庁に確認することが一番確実だと思いいます。

　以上参考にしてください。

非常に分かりやすいご説明をしていただきありがとうございます。
ひとまずこちらで行う年末調整の対象となるものが誤っていないことが分かり、安堵しました。
大変助かりました。

回答します

　重要なことが抜けていました。申し訳ございません。
　国際機関の「海外派遣」が、出向と同様に貴団体に「籍」が置いたままになっているのか、「退職」扱いになっているのかを確認してください。

　年末調整の対象となる人とは
　①1年を通じて勤務している人
　②年の中途で就職して、年末まで勤務している人
　③年の中途で退職した人の内・・・（これは割愛します
　④年の中途で海外支店へ転勤したなどの理由により非居住者になった人　が対象となります。
　
　当該、出向者は公務員でなければ「④」に該当する可能性もありましたが、公務員であるため「①」に該当するか否かを確認しないといけません。

　公務員が民間会社などに「転勤」したときなどは、一旦「退職」扱いになると、以前伺った覚えがありますので、大変申し訳ありませんが、その点について確認をして頂いてもよろしいでしょうか。