手数料が差し引かれて入金されたときの仕訳について

振り込まれた金額を売上計上する形で良いのでしょうか。

いけません。
それとも手数料差引前の金額を売上計上して借方で入金額と手数料の2つの勘定科目を計上する必要がありますか?
そのようになります。
売上と経費を分けないといけません。

わかりました。ありがとうございます。
代行会社の手数料差し引き前の金額で仕訳を行いたいと思います。

ちなみに、よくよく考えると、代行会社に入金される入金金額も、OTA(宿泊プラットフォーム企業)の手数料が差し引かれた後の金額で、このOTA手数料も本来経費として計上しないといけなかったかと思いますが、これまでの数期差し引き後の金額で仕訳をしてきていました。
これは是正しなければならないでしょうか。
また、今後税務調査の際に経済的な影響を受けるような指摘につながるのでしょうか？
差し引き前の金額が1千万以上となって免税事業者でなくなる懸念は一旦大丈夫でした。

これまでの数期差し引き後の金額で仕訳をしてきていました。
これは是正しなければならないでしょうか。

その通りと考えます。

また、今後税務調査の際に経済的な影響を受けるような指摘につながるのでしょうか？

上記指摘はないと考えます。

差し引き前の金額が1千万以上となって免税事業者でなくなる懸念は一旦大丈夫でした。

上記、安心です。