平成19年以前の取得資産の減価償却について

平成19年以前の取得資産の減価償却費の計算は、「未償却残高×旧定率法の償却率」の算式で取得価額の95％相当額まで償却し、95％相当額まで償却した翌年度以後は、期首帳簿価額から1円を控除した金額を5で除した金額が償却費の額となり、1円まで均等償却することとなります。（5年均等償却）

本来であれば前年度の償却は95％相当額で一旦ストップし、今期から「（残存価額－1円）÷5」の金額を毎期償却費とするところですが、前期において5％を割り込んでしまっているとのことですので、決して正しい方法ではありませんが、金額的にも少額かと思いますので、実務的処理として現在の帳簿残高を基にして、5年の均等償却を行うのがベターかと思います。
つまり、（期首帳簿価額－1円）÷5　で算出される金額を償却費とし、最後は1円を残す形で均等償却する方法になります。