一括償却資産と定額３年償却

・一括償却資産にして3年で償却
・定額法(耐用年数3年)で償却
ではどちらが正しいですか？

→正しいも間違いもなく、法人の選択になります。

また、この２つの違いはなんですか？

→一括償却資産とは文字通り、その事業年度中に取得した取得価額20万円未満の固定資産を個別に管理せず、一括して管理して纏めて償却していく税法上の制度です。
何月に取得したかに関係なく、取得価額の合計額×事業年度の月数／36がその事業年度の損金算入限度額となります。
また、一括償却資産を選択した場合は、除却や廃棄をしても固定資産除却損とはできず、帳簿価額が0円になるまで上記の算式で減価償却費を計算します。

通常の固定資産の減価償却は既にされているようですので、ご存知かと思います。
なお、定額法とのことですが、減価償却資産の償却方法の届出を提出されているのでしょうか？届出をしていなれば法人は定率法が法定償却方法になります。